肥皂是弱碱性的，可以抗菌，但并不表示它与肥皂盒都是干净无菌的。频繁使用的肥皂、潮湿的香皂盒都会成为细菌繁衍生息的温床。
美国哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院副院长伊莱恩·拉尔森博士表示，细菌很有可能存活在肥皂表面，尤其是和肥皂盒接触的底部通常较湿，更易繁殖细菌。研究发现，肥皂上的细菌可在使用者间交叉传染。因此，用肥皂前应该先冲冲，让流水带走表面上的细菌。
肥皂盒有细菌，是因为皂液中的细菌可能沉积在皂盒底部；长期如此，肥皂盒上衍生出菌落，适应环境后便会迅速繁衍增殖。建议每周对肥皂盒进行清洁消毒：倒掉肥皂盒的积水，将嵌在空隙里的残渣清理掉，再用软毛刷子蘸取少量清洁剂清洗，之后用水冲洗干净即可。
选购一个好的肥皂盒，也能减少它的细菌繁衍。市场上的肥皂盒材质有木头、不锈钢和塑料的，其中塑料材质最不易滋生细菌，且价格低廉。现在还有直接挂在墙面上的肥皂盒，既省空间，又利于肥皂干燥。优质的肥皂盒，底部应留有滤水孔，让盒子里的水分流出去，避免肥皂泡水；盒底脚应有一定的高度，这样肥皂底部不会接触到水，延长使用寿命。另外，要选择带有防浸条的肥皂盒，防浸条一般都在肥皂盒顶部，可以让滴落在肥皂盒上面的水快速流出去。
