1993年《宪法》修改为：“农村中的家庭联产承包为主的责任制和生产、供销、信用、消费等各种形式的合作经济，是社会主义劳动群众集体所有制经济。参加农村集体经济组织的劳动者，有权在法律规定的范围内经营自留地、自留山、家庭副业和饲养自留畜。”1999年《宪法》则修改为：“农村集体经济组织实行家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制。农村中的生产、供销、信用、消费等各种形式的合作经济，是社会主义劳动群众集体所有制经济。参加农村集体经济组织的劳动者，有权在法律规定的范围内经营自留地、自留山、家庭副业和饲养自留畜。”
“像现在，乡政府对应的是过去的人民公社，村委会对应的是生产大队，村民小组对应的是的生产队。”陈卫东告诉《每日经济新闻》记者，“可实际上按照《宪法》规定，应该还存在一个集体经济组织，行使管理村集体资产的权利和义务，但是这么一个组织实际上在实践中是不存在的，定义很模糊，导致很多地方是村委代行。而集体经济组织是经济组织，村委是一个自治组织、准行政组织，在很多农村，村民的数量多于农村集体经济组织成员的数量。”
并且在操作层面上，更复杂麻烦的还有从“三级所有、队为基础”延续而来的农村集体所有制关系，使得农村集体资产在组、村、乡（镇）级集体经济组织中都有分布。
在过去多年间，农村集体资产被投向多以高污染、高能耗为主要特征的乡镇企业，但在市场化和城镇化的双重挤压之下，一度各地开花的乡镇企业日渐式微。这在造成农村集体资产缩水的同时，也将“农村集体经济组织”的重要性摆在了人们的面前。
“现在集体资产在不断发展和壮大，由于缺少农村集体经济主体，在处置、收益和日常分配中，‘集体资产’容易异化为‘干部资产’，小官巨贪现象频出。”陈卫东说，“对集体资产增长尤为迅猛的 ‘城中村’、‘园中村’、‘城郊村’，亟须按照‘归属清晰、权责明确、运行规范、管理高效’的原则推进改革”。
记者在多地基层政府采访中发现，集体资产投资兴办的企业中，决策者往往都是对企业管理运营不太专业的村干部和村民股民代表，在选择产业类型和投资项目中存在一定的局限性。而乡镇企业垮掉之后，则导致了本村集体资产的流失和浪费。
“农村集体产权改革的目的是为了使农民收益、增加财产性收入，这就使农村集体资产升值、保值工作的重要性凸显。”陈卫东认为，因此“‘寻找’真正的集体经济组织，不但是改革任务操作和理论层面的需求，更是确保农民利益不受损失、降低集体资产流失风险的措施”。
